东山县博物馆坐落于东山风动石景区内，该馆于1992年建，1995年落成，拥有一楼与二楼两个展厅，一楼展厅常设基本陈列，二楼为临时展厅。下辖黄道周纪念馆、黄道周故居、东山戍守台湾将士墓群、东山抗战烈士陵园，与县文物保护管理所合署办公。占地面积6853平方米，建筑面积2349平方米，展厅面积1000平方米，库房面积200平方米。 黄道周纪念馆坐落于东山风动石景区内，原址为明代东山崇文书院旧址。该馆于1985年建，1987年落成，拥有一个展厅，分左右侧使用，院中种满花卉、果树，为花园式建筑。门楼大门匾额由原全国人大副委员长彭冲题写,拜台上塑黄道周像。塑像后“节义千秋”匾额为刘海栗题写。 黄道周故居坐落于东山风动石景区内，常设基本陈列，陈列按故居建筑布局进行，房间陈列主要以图文及部分场景部分再现的形式，陈列黄道周从出生至25岁的成长历程及其事迹。 东山博物馆馆藏文物共755件，其中，二级文物2件，三级文物266件，藏品基本保持完整。藏品主要以古人类动物化石和新旧石器时代的石器为主，还有铜器、陶瓷器、玉器、木雕、书画、民俗文物等。这些藏品反映了东山丰富和珍贵的文化遗产。

东山县博物馆成立于1988年7月，当时并无馆址，在新建成的黄道周纪念馆办公，1995年，新馆在黄道周纪念馆旁边落成并对公众开放，博物馆工作人员迁至新馆办公，仍然管辖黄道周纪念馆。

博物馆拥有一楼与二楼两个展厅，一楼展厅常设基本陈列“史前闽台文化关系陈列”，二楼作为临时展厅，配合地方宣传中心任务，经常改变陈列内容。黄道周纪念馆拥有一个展厅，常设基本陈列“黄道周史迹展”。 基本陈列 “史前闽台文化关系陈列”：它主要以展板和实物陈列的展览方式展示发现于东山海域的鹿、熊、象、野狗、犀水、羊等哺乳动物的化石，证明史前时期“东山陆桥”的存在。它作为大陆联系台湾的纽带和古人类动物东迁台湾的主要通道，在史前闽台文化交往的活动中，发挥着极其重要的作用，证明了台湾自古就是祖国不可分割领土的事实。“黄道周史迹展”：展厅陈列了东山县明代著名的爱国主义者、理学家、教育家和书法家黄道周先生的生平事迹介绍、黄道周遗物、黄道周书法遗存等，整个陈列的亮点和重点是对从故宫博物院高仿过来的黄道周书法作品及亲笔书信和从中国国家图书馆高仿过来的黄道周所著书籍的线装本的陈列，这些资料也为黄道周研究提供第一手突破性珍贵资料。临时展览 东山县博物馆建馆以来先后举办了一系列的临时展览，主要有：“腾飞，在蓝色大海上——东山建县八十年回顾展”、“海峡、船与关帝”、“两岸同根文化展”、“闽台文化水下文物精品展”、“涉台文物精品展”、“东山县第一次全国可移动文物普查成果展”、“东山·金门文化周·海峡两岸南明文化遗存展”。

东山博物馆馆藏文物共755件，其中，二级文物2件，三级文物266件，藏品基本保持完整。藏品主要以古人类动物化石和新旧石器时代的石器为主，还有铜器、陶瓷器、玉器、木雕、书画、民俗文物等。这些藏品反映了东山丰富和珍贵的文化遗产。 其中较为珍贵的是“东山人”化石。1987年1月21日发现，后经中国科学院古脊椎动物与古人类研究所专家尤玉柱、张振标鉴定为人类右侧肱骨残段，并命名为“东山人”， “东山人”肱骨残段保存了肱骨体的下半段与肱骨髁相邻的部位，保存长度57.9mm，表面呈浅灰色，前缘光滑且圆，外侧缘的上三分之一段保留大致完整，并可见到为一锐缘，表面较粗糙；内侧缘较比圆钝；肱骨体的后面相当平整，向下渐渐增宽；肱骨体的横断面呈三角形；骨壁明显地薄。肱骨体下端的外侧面和前内侧面断裂位置在冠状窝的上方部位；后面断裂于鹰嘴窝的上缘。当时“东山人”化石是福建省唯一的一件史前时期的人类化石。

参观注意事项： 1、衣冠不整谢绝入内，醉酒者、无行为能力者或限制行为能力者在无监护人陪伴下，谢绝入内； 2、身高1.2米以下的儿童须有监护人带领参观，行动不便的老年人须有亲友陪同参观； 3、入馆参观者请保管好随身携带的物品； 4、严禁将易燃易爆、腐蚀物品、管制械具、液体物体等危险品带入馆内；严禁携带宠物入馆； 5、入馆后请保持安静，不得高声喧哗；保持环境卫生，不得乱扔果皮纸屑、随地吐痰； 6、展厅内请匆摄像，拍照请匆使用闪光灯； 7、博物馆内严禁吸烟； 8、请匆触摸文物。