始建于1959年7月。新馆经改造后于1999年12月8日对外开放。馆址设于上海市文物保护单位——崇明学宫内，占地面积23.21亩。崇明县博物馆展厅总面积2000多平方米，布置在学宫大成殿及东西两庑内的“崇明岛史与古船”陈列，由序厅和六个单元内容组成，运用文物、模型、雕塑、沙盘、布景箱、图片和多媒体，真实反映崇明岛的形成及其政治、经济、交通、水利、文化等各方面的发展和建设成就。

崇明县博物馆现有藏品2000余件，包括陶瓷、字画、玉器、家具等10余类别，一级文物2件，二级文物15件。

一是从上海体育场乘旅游五号线到宝杨路码头，二是乘公交车到吴淞、宝杨路或石洞口码头；再乘船到崇明南门港，沿南门路向东500米。 自驾路线：中环－－翔殷路隧道－－五洲大道－－G40沪陕高速公路（上海长江隧桥）－－陈海公路－－鼓浪屿路－－鳌山路－－崇明学宫（瀛洲公园）