南澳岛有悠久的人文历史，早在距今8千多年前的新石器时代， 南澳就有了人类活动的痕迹。 全岛已发现和修复的文物胜迹达50多处。有全国唯一海岛总兵府，从明朝万历四年到民国1912年， 400多年间有173位总兵到任，其中有郑芝龙、刘永福等名人。 南澳总兵府抗倭御夷，协防台澎，是中国海防史的缩影，台湾、福建西霞蔡氏后裔在南澳寻根问祖时，与南澳县海防史博物馆一起考证出明万历丁未年升任南澳副总兵蔡逢益一段历史。有力地证明了台湾是祖国不可分割一部分。博物馆新馆总面积1650平方米，总建筑面积3300平方米，二、三层为主展厅，总面积为512平方米，一层及四层为两个副展厅，面积分别为256平方米，二、三、五层为库房，面积共376平方米。南澳县海防史博物馆除了做好基本陈列“南澳海防史陈列”展览外，还有专题展览“南澳Ⅰ号”出水文物展示厅、影视播放厅，从2005年至2013年共举办专题展览13个。

1983年5月4日，南澳县人民政府发文成立“南澳县海防史博物馆”。南澳县博物馆是股级事业单位，隶属于县文化局（现文化广电新闻出版局）。博物馆馆舍于1987年10月23日第一次兴建，位于后宅镇海滨路西段，两层框架结构，建筑面积746平方米，建筑造价27万元。1992年2月16日完成基本陈列“南澳海防史陈列”并对外开放。2000年6月，在全省山区文化建设热潮的推动下，南澳县海防史博物馆、图书馆新馆建设工程动工，2002年12月竣工。从2004年8月至2005年7月历时近一年博物馆完成新馆陈列及搬迁工作，并于2005年8月对外开放。

南澳县海防史博物馆新馆开设1个主展厅和3个副展厅，以“海防史陈列”和“南澳碑匾拓片展”为主体。展厅内精心设置半立体沙盘南澳设防图以及郑成功在南澳招兵、解放南澳等3个半立体全景。仅沙盘就集汛地、所城、炮台、烟墩等100余个模型于一体，使人一眼纵观闽南粤东的海防设置，尽览我国明清沿海军事史的缩影，发挥了国防教育基地和爱国主义教育基地的作用。博物馆在2010年，特别设“南澳Ⅰ号”出水文物展厅，把南澳县海域的乌屿与官屿之间发现一艘古沉船的一批瓷器，经文物鉴定是明代古沉船。从考古队探摸打捞上来的1100多件文物来看，该沉船上保存有大量青花瓷器，总数估计万件以上，文化文物事业的一大亮点，对研究我国明代海上运输贸易活动乃至我国的陶瓷史、航海史意义重大。南澳县海防史博物馆2004年搬迁新馆后，制作了《南澳海防史陈列》基本陈列，展带长162.57米。分“岛上先民的活动”、“宋代贸易与宋皇室到南澳”、“设镇前南澳形势”、“南澳总镇的设立”、“郑成功在南澳招兵”、“鼎盛的清代海防”、“地灵人杰保海防”、“军民的禁烟斗争”、“现代的南澳海防”等9个部分。展出有关兵防史料、军事实物、军事遗迹照片及画、图表342幅。立体景区3个，半立体景箱3个，戚继光、郑成功塑像各1座。陈列展橱30个，共展出兵防文物250多件。以及南澳海防设防立体模型、海战、炮台、南澳城等全景。该陈列全面展示了南澳的海防军事历史，再现了南澳海防历史风貌。

该馆馆藏文物500余件，其中二级品7件，三级品141件。

南澳Ⅰ号青花瓷